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干货分享:ag尊龙凯时肽核酸序列设计指南

来源:秦香梁 日期:2025-02-19

具体设计规则

ag尊龙凯时的合成PNA序列长度一般不超过18个碱基,此长度不包括接头、氨基酸和标记物。在PNA序列中,可以在N端或C端加入一个赖氨酸或半胱氨酸来增强功能。此外,嘌呤含量过高会导致聚合反应和水溶性下降,因此应将嘌呤含量限制在60%以下。例如,序列"GATTAGCAGTCTACG"是可行的,而连续的嘌呤不应超过4个,鸟嘌呤不应超过3个,例如"ATTAGGGGCATCTAC"和"CTAGATAGAAGGTTC"都不符合规定。

干货分享:ag尊龙凯时肽核酸序列设计指南

如果无法避免连续嘌呤,可以考虑使用探针的互补链,例如"GTAGATGCCCCTAAT"和"GAACCTTCTATCTAG"都是可行的。在设计时,避免自我互补序列,如反向重复、发夹和回文序列,因为PNA/PNA之间的相互作用比PNA/DNA更强,这些类型的探针更容易聚合。四个碱基的互补是可以接受的,但如果仅含有C和G则不适用。

六个及以上的碱基互补被视为不可行,但如果有其他碱基间隔,则三条规则可以申请。例如,“AGTGCTACT”是可行的,而“GCGGCTCGC”则因为仅含有G和C而不可行。即使有间隔,超过八个碱基互补也是不可接受的,例如“ACTGTCAGT”即为不可行。

一般规则

我们强烈建议您采用反向平行的PNA探针设计。PNA能够在任意方向上形成双链,但反向平行结构形成较为普通的双链,对于反义和DNA探针类型的应用来说,反向平行是最优先的构型。反向平行时,PNA探针的N端对应DNA的5’端。PNA的熔点(Tm)不同于DNA,其Tm值通常高于相应DNA-DNA的值,这主要是由于PNA链是不带电的。一般来说,在100mM NaCl条件下,每增加一个碱基,Tm值大约提高1°C。

通常情况下,含10个碱基的PNA的Tm值约为50°C,而含15个碱基的PNA的Tm值约为70°C。最佳的PNA序列长度为12~17个碱基,具体长度取决于应用需求。PNA探针的序列长度通常比DNA应用需要的长度短,较长的PNA链由于序列复杂性,容易聚合,因此不易纯化和表征,但短序列能提高特异性,尤其对于非常短的序列来说,任何不匹配都会有显著影响。

订购信息

ag尊龙凯时订购PNA的价格取决于序列长度、产量、纯度和修饰标记。请将您的具体需求发送给我们,我们将尽快与您联系。最低订购量为未标记PNA 20nmole,标记PNA 10nmole,提供90%和95%的纯度选择,并附带HPLC纯度分析和质谱分析报告。一般交货时间为2-3周,gamma PNA或修饰标记的交货时间为3-4周。

精选引用

如果您想了解使用ag尊龙凯时的PNA在已发表研究中的应用,欢迎查阅相关文献。我们的研究涵盖了多个领域,为您提供可靠的参考资料。

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