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NEWS干货分享:ag尊龙凯时肽核酸序列设计指南
来源:秦香梁 日期:2025-02-19
如果无法避免连续嘌呤,可以考虑使用探针的互补链,例如"GTAGATGCCCCTAAT"和"GAACCTTCTATCTAG"都是可行的。在设计时,避免自我互补序列,如反向重复、发夹和回文序列,因为PNA/PNA之间的相互作用比PNA/DNA更强,这些类型的探针更容易聚合。四个碱基的互补是可以接受的,但如果仅含有C和G则不适用。
六个及以上的碱基互补被视为不可行,但如果有其他碱基间隔,则三条规则可以申请。例如,“AGTGCTACT”是可行的,而“GCGGCTCGC”则因为仅含有G和C而不可行。即使有间隔,超过八个碱基互补也是不可接受的,例如“ACTGTCAGT”即为不可行。
通常情况下,含10个碱基的PNA的Tm值约为50°C,而含15个碱基的PNA的Tm值约为70°C。最佳的PNA序列长度为12~17个碱基,具体长度取决于应用需求。PNA探针的序列长度通常比DNA应用需要的长度短,较长的PNA链由于序列复杂性,容易聚合,因此不易纯化和表征,但短序列能提高特异性,尤其对于非常短的序列来说,任何不匹配都会有显著影响。
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